《生命系統(tǒng)的物理建模》源于菲利普?納爾遜（Philip Nelson）教授在賓夕法尼亞大學授課數(shù)年的講義，面向的學生主要是2-3年級的理工科學生。不同于先前的生物物理教材往往著眼于介紹生命系統(tǒng)的物理現(xiàn)象，本書側(cè)重于通過物理建模的方式從定量實驗數(shù)據(jù)中提煉出科學規(guī)律，為最終實現(xiàn)生命科學數(shù)學化提出了自己的方法。
本書可以用于生物物理學專業(yè)的基礎課教學，也適合作為許多其他專業(yè)學生拓展知識的優(yōu)秀讀物，包括物理學、生物學、化學、應用數(shù)學等專業(yè)。書中部分內(nèi)容超越了本科范圍，只要納入教師自己的專業(yè)知識，本書同樣很方便作為研究生教材。
目 錄
引言：HIV 研究的突破得益于學科交叉1
第1篇 預備知識6
第1章 病毒動力學
1.1導讀：擬合………………………………………………………………6
1.2HIV 感染過程建模 ………………………………………………………7
1.2.1 生物背景 …………………………………………………………7
1.2.2 半對數(shù)圖可以揭示數(shù)據(jù)的指數(shù)關系………………………………9
1.2.3 鑒別系統(tǒng)要素及其主要相互作用是物理建模的第一步 ………10
1.2.4 數(shù)學分析可以預測一系列行為……………………………………11
1.2.5 大部分模型都需要用數(shù)據(jù)擬合 ……………………………………13
1.2.6 過約束與過擬合 ……………………………………………………14
1.3有關建模的幾句忠告 …………………………………………………15
總結(jié) ……………………………………………………………………………16
拓展 ……………………………………………………………………………19
習題 ……………………………………………………………………………21
第2章 物理學與生物學26
2.1導讀：推斷………………………………………………………………26
2.2交叉…………………………………………………………………27
2.3量綱分析…………………………………………………………………28
總結(jié) ……………………………………………………………………………28
習題 ……………………………………………………………………………30
第 2篇生物學中的隨機性
第3章 離散型隨機性34
3.1導讀：分布………………………………………………………………34
3.2隨機性事例………………………………………………………………35
3.2.1 五個典型事例闡明隨機性概念……………………………………35
3.2.2 隨機系統(tǒng)的計算機模擬 ……………………………………………39
3.2.3 生物和生化的隨機性事例 …………………………………………39
3.2.4 假象：流行病學中的成簇 …………………………………………40
3.3離散型隨機系統(tǒng)的概率分布 …………………………………………40
3.3.1 概率分布描述了隨機系統(tǒng)在什么程度上是可預測的 …………40
3.3.2 隨機變量將數(shù)值與樣本空間中的點相關聯(lián) ………………………42
3.3.3 加法規(guī)則 ……………………………………………………………43
3.3.4 減法規(guī)則 …………………………………………………………43
3.4條件概率…………………………………………………………………44
3.4.1 條件概率是兩概率的比值 …………………………………………44
3.4.2 獨立事件與乘法規(guī)則 ………………………………………………45
3.4.3 嬰兒床死亡事件與檢察官謬論 ……………………………………45
3.4.4 幾何分布描述一系列獨立嘗試后獲得成功所需的等待時間 …46
3.4.5 聯(lián)合分布 ……………………………………………………………48
3.4.6 醫(yī)學檢查的恰當解釋需要條件概率為前提 ……………………49
3.4.7 貝葉斯公式凝練了條件概率的計算………………………………52
3.5期望和矩…………………………………………………………………53
3.5.1 期望表達的是隨機變量多次試驗的平均值 ……………………53
3.5.2 隨機變量的方差是其漲落的一種度量……………………………55
3.5.3 平均值的標準誤差隨樣本數(shù)的增加而減小 ……………………57
3.5.4 關聯(lián)性和協(xié)方差 ……………………………………………………58
總結(jié) ……………………………………………………………………………60
拓展 ……………………………………………………………………………63
習題 ……………………………………………………………………………65
第4章 實用離散分布74
4.1導讀：模擬………………………………………………………………74
4.2二項式分布………………………………………………………………74
4.2.1 溶液中取樣的過程等同于伯努利試驗……………………………74
4.2.2 多次伯努利試驗的總和遵循二項式分布…………………………75
4.2.3 期望和方差 …………………………………………………………76
4.2.4 如何計算細胞內(nèi)的熒光分子數(shù) ……………………………………77
4.2.5 二項式分布的計算機模擬 …………………………………………78
4.3泊松分布………………………………………………………………79
4.3.1 樣本數(shù)趨于無窮時二項式分布變得簡單…………………………79
4.3.2 低概率的伯努利試驗之和服從泊松分布…………………………80
4.3.3 泊松分布的計算機模擬 ……………………………………………83
4.3.4 單離子通道的電導測定 ……………………………………………83
4.3.5 泊松分布的簡單卷積運算 …………………………………………84
4.4中獎分布及細菌遺傳學 ………………………………………………86
4.4.1 理論正確很重要 ……………………………………………………86
4.4.2 不可重復的實驗數(shù)據(jù)仍然可能包含重要信息 …………………87
4.4.3 抗性產(chǎn)生機制的兩個模型 …………………………………………88
4.4.4 盧-德假說對幸存數(shù)的分布做出可檢驗的預測 …………………89
4.4.5 展望 …………………………………………………………………92
總結(jié) …………………………………………………………………………93
拓展 ……………………………………………………………………………95
習題 ……………………………………………………………………………98
第5章 連續(xù)分布107
5.1導讀：長尾分布 ………………………………………………………107
5.2概率密度函數(shù)……………………………………………………………107
5.2.1 連續(xù)隨機變量概率分布的定義 ……………………………………107
5.2.2 三個關鍵分布：均勻分布、高斯分布和柯西分布 ……………109
5.2.3 連續(xù)隨機變量的聯(lián)合分布 …………………………………………111
5.2.4 三個關鍵分布的期望和方差 ………………………………………112
5.2.5 卷積和混合分布 ……………………………………………………114
5.2.6 概率密度函數(shù)的變換 ………………………………………………115
5.2.7 特定分布的計算機模擬 ……………………………………………117
5.3高斯分布…………………………………………………………………118
5.3.1 高斯分布起源于二項式分布的極限情形…………………………118
5.3.2中心極限定理解釋高斯分布的普遍性………………………………119
5.3.3 高斯分布的局限性 ……………………………………………………120
5.3.4 擴散定律 ……………………………………………………………121
5.4長尾分布…………………………………………………………………123
5.4.1 許多復雜系統(tǒng)產(chǎn)生長尾分布 ………………………………………123
5.4.2 雙對數(shù)圖可以揭示數(shù)據(jù)的冪律關系…………………………………123
總結(jié) …………………………………………………………………………………125
拓展 ………………………………………………………………………………128
習題 …………………………………………………………………………………132
