目 錄
第一篇 理論篇
一、中藥資源轉(zhuǎn)錄組概述
(一)轉(zhuǎn)錄組的研究目標
(二)轉(zhuǎn)錄組的研究方法
(三)中藥資源轉(zhuǎn)錄組研究現(xiàn)狀
(四)中藥資源轉(zhuǎn)錄組研究展望
二、同源基因功能分化與活性成分變異機制
(一)同源基因的正確注釋是研究藥用植物活性成分
變異的重要前提
(二)重復基因的功能分化是形成藥用植物活性成分
變異的基礎
(三)藥用植物基因功能分化決定其活性成分的變異
三、功能性EST—SSR標記
(一)功能性EST～SSR的基本概念
(二)功能性EST—SSR的開發(fā)流程
(三)功能EST—SSR的優(yōu)勢
(四)功能性EST—SSR標記在中藥資源中的應用
(五)藥用植物功能性EST—SSR標記展望
第二篇 技術篇
一、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組裝
實驗一樣品收集與保存
實驗二RNA提取
實驗三mRNA分離純化
實驗四Solexa文庫制備
實驗五上機測序
實驗六轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)組裝
實驗七轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)功能注釋
二、基因克隆及表達分析
實驗八基因克隆
實驗九基因表達分析
實驗十共表達分析
三、數(shù)據(jù)庫使用及生物信息學分析
實驗十一核酸數(shù)據(jù)庫及其使用
實驗十二蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫及其使用
實驗十三代謝數(shù)據(jù)庫及其使用
實驗十四文獻數(shù)據(jù)庫及其使用
實驗十五NCBI序列數(shù)據(jù)的提交
實驗十六多序列對位排列分析
實驗十七系統(tǒng)發(fā)育分析
實驗十八核酸序列的分析和轉(zhuǎn)換
實驗十九基因開放閱讀框預測
實驗二十蛋白質(zhì)理化性質(zhì)預測
實驗二十一蛋白質(zhì)亞細胞定位信號預測
實驗二十二蛋白質(zhì)信號肽和跨膜結(jié)構(gòu)域預測
實驗二十三蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)預測
四、SSR標記開發(fā)
實驗二十四SSR位點開發(fā)
實驗二十五SSR引物設計
實驗二十六基因組DNA提取
實驗二十七瓊脂糖凝膠電泳
實驗二十八非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳
實驗二十九SSR數(shù)據(jù)統(tǒng)計
實驗三十SSR數(shù)據(jù)分析
